Wieloletnia solistka Warszawskiej Opery Kameralnej, Opery Bałtyckiej czy Opery Wrocławskiej, gdzie zaśpiewała wiele pierwszoplanowych ról, między innymi w operach Mozarta, Czajkowskiego, Verdiego czy Strawińskiego.
Prawykonania swoich dzieł powierzają jej współcześni kompozytorzy, tacy jak: Zygmunt Krauze, Paweł Łukaszewski, Elżbieta Sikora. Znaczącym sukcesem była kreacja tytułowej partii w operze Madame Curie Elżbiety Sikory – prapremiera odbyła się w listopadzie 2011 roku w Paryżu. 
Dużo miejsca w swojej działalności koncertowej poświęca muzyce oratoryjno-kantatowej i kameralnej. Jest szczególnie ceniona w kręgu muzyki dawnej, z którą związany jest debiut artystyczny śpiewaczki. 
W 2001 roku otrzymała nagrodę im. Zofii Rayzacherowej „Dla największej indywidualności artystycznej w dziedzinie muzyki dawnej” na XI Festiwalu Muzyki Dawnej na Zamku Królewskim w Warszawie. 
W dorobku artystki znajdują się występy na deskach światowych scen, w towarzystwie wybitnych muzyków i dyrygentów. Z dumą propaguje dorobek polskich kompozytorów wszystkich epok.
Dokonała nagrań ponad 50 albumów płytowych, wśród nich jest 12, które otrzymały nagrodę Akademii Fonograficznej FRYDERYK, m.in. solowa płyta, na której śpiewaczka prezentuje pieśni Karola Szymanowskiego i która została wyróżniona dwiema nagrodami FRYDERYK 2008 w kategoriach: Album Roku Recital Wokalny, Opera, Operetka, Balet oraz Fonograficzny Debiut Roku. Nagrodą FRYDERYK 2019 w kategorii Album Roku Muzyka Kameralna doceniona została płyta wydana przez Chopin University Press: Giovanni Battista Pergolesi Stabat Mater, Paweł Łukaszewski Luctus Mariae. Wraz z Marcinem Tadeuszem Łukaszewskim nagrała wszystkie pieśni Ignacego Jana Paderewskiego, płyta otrzymała Nagrodę Fryderyka 2022 w kategorii: Muzyka Kameralna – Duety.
Anna Mikołajczyk-Niewiedział w 2023 roku uzyskała tytuł profesora sztuki.