urodził się 17 sierpnia 1934 w Pabianicach. Kompozytor, muzykolog, pianista, pedagog oraz animator i organizator życia muzycznego. Studia muzyczne odbył w latach 1959-65 w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Warszawie w klasie kompozycji Kazimierza Sikorskiego oraz w klasach fortepianu Jana Ekiera i Natalii Hornowskiej. W tym samym czasie studiował muzykologię na Uniwersytecie Warszawskim, którą ukończył pod kierunkiem Józefa M. Chomińskiego w roku 1966. W latach 1966-1968, jako stypendysta rządu francuskiego, kontynuował studia kompozytorskie u Nadii Boulanger i Oliviera Messiaena w Konserwatorium Paryskim, a także w Konserwatorium Amerykańskim w Fontainebleau oraz u Iannisa Xenakisa w École Pratique des Hautes Études, jak również studia muzykologiczne pod kierunkiem Jacquesa Chailley i Barry S. Brooka na Université Sorbonne w Paryżu. Jednocześnie studiował filozofię u Jeana Hyppolite i Julesa Vuillemina w Sorbonie oraz w Collège de France.

Brał udział w Międzynarodowych Kursach Nowej Muzyki w Darmstadt (1972, 1974) oraz w Accademia Musicale Chigiana w Sienie (1973, 1975 –  Diploma di Merito), pracując w zakresie kompozycji pod kierunkiem György Ligetiego, Iannisa Xenakisa, Karlheinza Stockhausena i Franco Donatoniego.

Od roku 1968 wykładowca kompozycji i instrumentacji symfonicznej w Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie. Od 1989 profesor sztuk muzycznych. Był prodziekanem Wydziału Kompozycji, Dyrygentury i Teorii Muzyki (1975-1978), prorektorem Akademii (1978-1981, 1987-1990), kierownikiem Katedry Teorii Muzyki (1993-1999), dziekanem Wydziału Kompozycji, Dyrygentury i Teorii Muzyki (1996-1999), kierownikiem Katedry Kompozycji (1999-2004), organizatorem i kierownikiem Podyplomowych Studiów Teorii Muzyki (1998-2008) oraz Podyplomowych Studiów Kompozycji (2000-2008). Od roku 2010 wykładał także kompozycję w Akademii Muzycznej im. Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy. Ponadto, był wykładowcą na wielu kursach mistrzowskich i sympozjach kompozytorskich. Wykładał kompozycję jako visiting professor i guest artist na wielu uczelniach na całym świecie. Wykształcił grono kilkudziesięciu kompozytorów polskich i zagranicznych.

Jego utwory były wykonywane na koncertach kameralnych i symfonicznych na całym świecie, a wiele z nich zostało nagranych w radio i telewizji (w ponad 25 krajach) oraz na ponad 50 płytach analogowych i CD wydanych przez Acte Préalable, DUX, Global Sound Media (Seoul), GM Records, MTJ, Musica Sacra Edition, Olympia (Londyn), Polonia Records, Polskie Nagrania, Muza, ProViva Intersound (Monachium), Sound-Pol, Gamma CD, Veriton.

Jako pianista koncertował w kraju i za granicą. Dokonał nagrań radiowych, telewizyjnych i płytowych utworów własnych i innych kompozytorów polskich.

Jego dorobek naukowy obejmuje ponad 20 prac teoretycznych z zakresu teorii muzyki XX i XXI wieku, współczesnych technik kompozytorskich, współczesnej techniki orkiestracyjnej, sonologii, dodekafonii (a zwłaszcza warsztatu kompozytorskiego Antona Weberna), muzyki polskiej XX i XXI wieku i pedagogiki kompozycji. Marian Borkowski uczestniczył w ponad 70 międzynarodowych kongresach, konferencjach, sympozjach, sesjach naukowych i festiwalach w kraju i za granicą.

Jest członkiem wielu organizacji muzycznych w Polsce, Belgii, Japonii i USA. W latach 1971-77 był wiceprezesem Oddziału Warszawskiego Związku Kompozytorów Polskich. Od 1985 jest twórcą i dyrektorem artystycznym Festiwalu Laboratorium Muzyki Współczesnej, a od 1995 prezesem Stowarzyszenia Laboratorium Muzyki Współczesnej. Był członkiem jury wielu krajowych (w ponad 70) i zagranicznych (w ponad 20) konkursów kompozytorskich i wykonawczych.

Jest laureatem wielu nagród w konkursach kompozytorskich, Nagród Ministra Kultury i Sztuki (1976, 1980, 1982, 2004, 2008).

Odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi (1977), Srebrnym Medalem Premio Vittorio Gui (Włochy, 1979), Medalem Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina (1981), Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (1984), odznaką Zasłużony Działacz Kultury (1985), Medalem Uniwersytetu Narodowego w Seulu (1988), Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (2002), Honorowej Plakiety Akademii Muzycznej im. F. Chopina (2004), Medalem honorowym Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (Chile, 2004) oraz Srebrnym Wawrzynem Olimpijskim (2004). Otrzymał honorowe członkostwo Stowarzyszenia „Musica Sacra” (2004) i Towarzystwa im. Karola Nicze (2006). W roku 2008 otrzymał Honorową Nagrodę Związku Kompozytorów Polskich oraz Srebrny Medal „Zasłużony Kulturze Polskiej – Gloria Artis”. W 2009 otrzymał Nagrodę im. św. Brata Alberta, a w 2010 Medal „Za zasługi dla Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina” oraz Nagrodę Stowarzyszenia Autorów ZAiKS.

W roku 2011 otrzymał Nagrodę Akademii Fonograficznej FRYDERYK w kategorii „Kompozytor Roku”. W roku 2012 został odznaczony Medalem Komisji Edukacji Narodowej i otrzymał „Grand Prix” Rektora Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie.